Va començar la seva trajectòria professional a Ràdio Cervera de Cadena 13 i ha treballat a Catalunya Ràdio, Cadena Nova i Ràdio 4 dirigint i presentant diversos programes, com ‘Ui, diumenge’, ‘De tornada’ o ‘Tu, a la teva’ de Catalunya Ràdio o ‘Busca’ns a la Quatre’ de Ràdio 4.

De 1999 a 2019 va dirigir i presentar el programa ‘No es un día cualquiera’ a RNE, els matins de cap de setmana, que ha estat reconegut amb un Ondas (2003) i el Micròfon d’Or de la Federación de Asociaciones de Radio y Televisión, entre d’altres guardons. A més, Pepa Fernández va rebre un premi Ondas a la tasca professional el 2008.

A partir de 2019 dirigeix i presenta ‘De Pe a Pa, las mañanas de Radio Nacional’.

El setembre de 2022 torna a fer-se càrrec del magacín dels caps de setmana ‘No es un dia cualquiera’ de RNE.